反渗透膜能截留大于0.0001微米的物质，是高精度的膜分离技术，能有效截留所有溶解盐份及分子量大于100的有机物，同时允许水分子通过。运行一段时间以后，反渗透膜上吸附沉积了大量污染物需要被及时清除干净，以待下一次高效率的运行。

1、反渗透膜的性能下降：

反渗透膜的性能下降主要原因是由于膜表面受到了污染，如表面结垢、膜面堵塞;或是由膜本身的物理化学变化而引起的。物理变化主要是由于压实效应引起膜的透水率下降;化学变化主要是由于pH的波动而引起的，如使醋酸纤维素膜水解、游离氯也会使芳香聚酰胺膜性能恶化。

2、反渗透膜的污染堵塞：

反渗透膜污染堵塞的主要原因是由于膜面沉积和微生物的滋长而引起的。其中微生物不仅堵塞膜，并对醋酸纤维素有侵蚀损害作用。因此，在膜内必须保持一定的余氯量，但是余氯太高，又会引起膜性能下降，故在醋酸纤维素膜前保持余氯0.1～0.5mg/L，而在芳香聚酰胺膜前余氯要<0.1mg/L。

3、反渗透膜的清洗处理：

定期用0.1%甲醛溶液或用质量浓度为100mg/L的新洁尔灭消毒液循环清洗处理至少1h。已经污染的膜要用2%柠檬酸铵溶液(pH为4～8)进行清洗，或用亚硫酸氢钠、六偏磷酸钠、稀盐酸等来防止锰、铁及碳酸盐的结垢。有时也用酶洗涤剂对有机物进行清洗。清洗压力控制在0.34～0.98MPa，清洗流速为原来水处理流速的2～3倍。

反渗透膜的清洗处理是一个细致而又烦杂的工作，如果每次清洗不到位就接着进行过滤，污染将会进一步的累积，累积到膜表面流道被堵死，清洗剂无法渗透进去的现象。同时由于长期带压力运行，污染物会发生密实现象，这都将导致膜的清洗恢复极其困难，从而导致膜的报废。在反渗透膜系统运行过程中，污染和清洗始终是一个动态的平衡过程，每次清洗都保持很大限度的洁净度，才能让反渗透膜更高效的运行。