省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度改革：事业单位分类改革，事业机构、使用事业编制的市县环保局改革、规范设置环境执法机构、内设机构、不突破地方现有机构限额和编制总额。
事业单位分类改革
根据《事业单位登记管理暂行条例》规定，事业单位是指国家为了社会公益目的，由国家机构举办或者其他组织利用国有资产举办的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。事业单位应当具备法人条件，实行分级登记管理。
按照社会功能一般将现有事业单位划分为承担行政职能、从事生产经营活动和从事公益服务三个类别。事业单位分类改革是指按照政事分开、事企分开和管办分离的要求，以促进公益事业发展为目的，以科学分类为基础，以深化体制改革为核心，坚持分类指导、分类推进、分级组织、分步实施的工作方针，分类推进事业单位改革，对事业单位管理体制和运行机制进行调整优化、改进革新的举措，到2020年，建立起功能明确、治理完善、运行高效、监管有力的管理体制和运行机制，形成基本服务优化、供给水平适度、布局结构合理服务公平公正的中国特色公益服务体系。
我国环境监察执法系统、环境监测系统大多为事业单位，一些地方环保局仍然是事业局、合署局，因此《关于省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度改革试点工作的指导意见》(以下简称《意见》)在基本原则中明确要求，环保垂改工作应搞好统筹协调，与事业单位分类改革等相衔接，提升改革综合效能。
事业机构、使用事业编制的市县环保局改革
承担行政职能的事业单位是指承担行政决策、行政执行、行政监督等职能的事业单位。这类单位政事不分、机构重叠、职责交叉、效能不高等问题日益突出，不适应简政放权、依法行政、规范政府治理的要求，迫切需要通过改革加以解决，逐步将其行政职能划归行政机构或转为行政机构。
《中共中央国务院关于分类推进事业单位改革的指导意见》规定，对部分承担行政职能的事业单位，要认真梳理职能，将属于政府的职能划归相关行政机构;职能调整后，要重新明确事业单位职责、划定类别，工作任务不足的予以撤销或并入其他事业单位。对完全承担行政职责的事业单位，可调整为相关行政机关的内设机构，确需单独设置行政机构的，要按照精简效能原则设置。
《关于开展承担行政职能事业单位改革试点的指导意见》具体规定，先行推进承担行政决策、行政执行、行政监督等职能，主要行使行政许可、行政裁决等行政职权的事业单位改革。首先，对于政府直属事业单位，结合推行大部门制并入相关行政机构，确有工作需要的可保留原来的牌子;确需单独设置行政机构的，原则上在中央规定的机构限额内统筹研究解决，具体设置形式、名称、排序等，根据本级政府的功能特点和实际需要决定。
因此，《意见》第十条规定，“目前仍为事业机构、使用事业编制的市县两级环保局，要结合体制改革和事业单位分类改革，逐步转为行政机构，使用行政编制”。目前全国仍有100多个事业单位性质的市县两级环保局，作为承担行政职能、主要行使行政许可和行政决策的政府直属机构，应当根据事业单位分类改革要求和《意见》要求，逐步转为行政机构。特别是区县级环保局改革调整为市局分局后，在一定程度上解决区县政府行政机构总数额度限制，有条件大力推进环保局的规范化建设。对于一些区县环保、林业、水利合署设置的环保局，应结合区县环保分局派出的要求，合理统筹、积极稳妥地推进垂改工作。对于开发区管委会所属的事业性质的环保局，各省、自治区、直辖市可以结合开发区管理体制实际情况等合理确定改革方向。
规范设置环境执法机构
《关于开展承担行政职能事业单位改革试点的指导意见》提出，稳步推进承担行政执行等职能，主要行使行政处罚、行政强制等行政职权的事业单位改革。这类事业单位的主体是行政执法机构。要全面清理职能，有法律法规依据的继续依法履职，没有法律法规依据的原则上予以撤销，确需保留的要尽快完善法律法规，在此基础上纳入综合行政执法体制改革统筹推进，并与司法体制改革、城市执法体制改革、文化体制改革等相衔接。